江苏省新药研究与临床药学重点实验室总面积4000余平方米，拥有液相色谱-质谱联用仪、气相色谱-质谱联用仪、核磁共振仪、质谱仪、流式细胞仪、分子-分子相互作用仪、毛细管电泳仪、超高效液相色谱仪、实时荧光定量PCR仪等先进科学仪器近百台，总价值3000余万元。实验室建立了大型仪器开放预约管理系统，构建了面向校内外的全面开放、资源共享的技术服务平台，是徐州医科大学药理学与毒理学进入ESI全球前1%的主要贡献者。
学院积极推进“教研医产”深度融合，逐步形成了以“校-医-企-政”协同创新为主体，学科链、创新链与产业链互动发展的特色模式。学院与复星医药、豪森医药、杜瑞医药、PPC佳生等知名药企建立了校企合作实验室、产学研基地、企业工作站等合作载体，在糖尿病及其并发症、神经系统疾病的新靶点发现、药物设计与筛选、成药性评价、新型递药系统开发、新药临床试验与评价等领域展开全面合作。其中，与江苏福锌雨医药科技有限公司共建的“生物医药协同创新中心”协同开展新药创制，获得科技部的国家新药创制重大专项资助。在成果转化方面，实现了适用于体内痕量活性物质自动萃取、在线衍生和自动进样分析的LC-MS/MS自动样品处理仪及配套的高效固相萃取柱技术的转化，“包含槲皮素的药物组合物及其用途”、“非甾体类抗炎药物在制备预防和治疗糖尿病脑病药物中的应用”等多个发明专利转让。
