药学学科为江苏省优势学科、江苏省重点学科，连续两年上榜软科世界一流学科，并保持软科中国最好学科前30%，教育部第五轮学科评估获评B-等级。药理学与毒理学学科进入ESI全球前1%。
2011年，学院与徐医附院联合建立博士后科研工作站。拥有博士授权二级学科，2014年开始自主博士招生。2010年药学一级学科获得硕士学术学位授予权，目前拥有临床药学、药理学、药物化学、药物分析、药剂学、微生物与生化药学和化学生物学7个二级学科学术学位硕士点。2014年获得药学硕士专业学位授予权，2022年获得生物与医药硕士专业学位授予权。药学学科已建成从本科到硕士、博士及博士后的完整药学/临床药学人才培养体系。
学科拥有国家药物临床试验机构Ⅰ期临床试验研究室、卫计委国家临床药师培训基地、江苏省新药研究与临床药学重点实验室、江苏省糖尿病药物工程技术研究中心、江苏省新药创制与评价工程中心等科研平台，是全国高校中屈指可数的以“临床药学”为重要研究内容的省级科研平台。实验面积4000余平方米，设备总价值近5000万元。重点围绕（1）疾病发病机制与靶点发现，（2）先导化合物设计与成药性研究，（3）体内外化合物检测与评价，（4）药物的临床评价及合理应用四个研究方向开展基础和应用相结合的研究，形成了“靶点发现－成药性评价与新药开发－临床评价与合理化应用”三位一体的研究体系。
近五年，学院累计承担各类科研项目140余项，其中国家新药创制重大科技专项1项、国家自然科学基金项目40余项、江苏省自然科学基金等省部级课题50余项；发表SCI论文400余篇，其中中科院一区论文130余篇，以第一和通讯作者署名单位在TOP期刊如Trends in Biochemical Sciences、ACS Nano、Angewandte Chemie-International Edition等发表多篇论文；授权国际专利与中国专利70余项。
